|
|
Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Klouba, Lukáš ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
|
|
|
Prediction of Transposons in DNA
Černohub, Jan ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
The paper offers brief introduction into DNA with focus on transposable elements also know as transposons and how do they relate to the ongoing research into biology - seen mainly from the bioinformatics point of view. The goal is to research past and concurrent tools and algorithms that were developed for transposon detection in sequenced genomes. Based on the surveyed designs a proposal for long terminal repeat transposons oriented tool is created and implemented.
|
|
|
Konstrukce sufixových polí a jejich využití v bioinformatice
Hlávka, Ondřej ; Čermák, Martin (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práce pojednává o perspektivní datové struktuře, která se nazývá sufixové pole. Tato datová struktura je zde podrobněji popsána a v práci je dále uvedeno rozdělení algoritmů pro konstrukci tohoto pole. Je zde popsáno několik konstrukčních algoritmů a nejpodrobněji se práce zaobírá algoritmem nazývaným qsufsort. Nakonec si ukážeme využití sufixového pole pro vyhledávání přesných (pomocí binárního vyhledávání) a přibližných (metoda QUASAR) vzorů v sekvencích DNA.
|
|
|
Vyhledávání přibližných palindromů v DNA sekvencích
Divila, Jaroslav ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů v sekvencích DNA. Zaměřuje se na popis DNA struktury, významu palindromů v DNA sekvencích a na popis metod pro vyhledávání přibližných palindromů. Hlavní část práce je zaměřena na návrh a popis implementace nástroje pro vyhledávání přibližných palindromů.
|
|
|
Rich Features in Phrase-Based Machine Translation
Kos, Kamil ; Bojar, Ondřej (vedoucí práce) ; Žabokrtský, Zdeněk (oponent)
V této práci zkoumáme metody, jak zlepšit kvalitu statistického strojového překladu použitím bohaté lingvistické informace. Nejdříve popíšeme SemPOS - metriku, která využívá mělké sémantické reprezentace vět k hodnocení kvality strojového překladu. Ukážeme, že i když tato metrika dosahuje vysoké korelace s lidskými hodnoceními kvality překladu, není samostatně vhodná pro optimalizaci parametrů systémů strojového překladu. Za druhé rozšíříme základní log-lineární model používaný ve statistickém strojovém překladu o kontextový model zdrojové věty, který pomáhá lépe rozlišovat mezi různými možnostmi překladu dané fráze a pomáhá vybrat nejvhodnější překlad pro daný kontext v aktuální větě.
|
|
|
Rich Features in Phrase-Based Machine Translation
Kos, Kamil ; Žabokrtský, Zdeněk (oponent)
Název práce: Bohaté rysy ve frázovém strojovém překladu Autor: Kamil Kos Katedra (ústav): Ústav formální a aplikované lingvistiky Vedoucí diplomové práce: RNDr. Ondřej Bojar, Ph.D. e-mail vedoucího: bojar@ufal.mff.cuni.cz Klíčová slova: strojový překlad, hodnocení kvality, kontextový model, suffixové pole Abstrakt: V této práci zkoumáme metody, jak zlepšit kvalitu statistického strojového překladu použitím bohaté lingvistické informace. Nejdříve popíšeme SemPOS - metriku, která využívá mělké sémantické reprezentace vět k hodnocení kvality strojového překladu. Ukážeme, že i když tato metrika dosahuje vysoké korelace s lidskými hodnoceními kvality překladu, není samostatně vhodná pro optimalizaci parametrů systémů strojové- ho překladu. Za druhé rozšíříme základní log-lineární model používaný ve statistickém strojovém překladu o kontextový model zdrojové věty, který pomáhá lépe rozlišovat mezi různými možnostmi překladu dané fráze a pomáhá vybrat nejvhodnější překlad pro daný kontext v aktuální větě.
|
|
|
Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Klouba, Lukáš ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
|
|
|
Rich Features in Phrase-Based Machine Translation
Kos, Kamil ; Žabokrtský, Zdeněk (oponent)
Název práce: Bohaté rysy ve frázovém strojovém překladu Autor: Kamil Kos Katedra (ústav): Ústav formální a aplikované lingvistiky Vedoucí diplomové práce: RNDr. Ondřej Bojar, Ph.D. e-mail vedoucího: bojar@ufal.mff.cuni.cz Klíčová slova: strojový překlad, hodnocení kvality, kontextový model, suffixové pole Abstrakt: V této práci zkoumáme metody, jak zlepšit kvalitu statistického strojového překladu použitím bohaté lingvistické informace. Nejdříve popíšeme SemPOS - metriku, která využívá mělké sémantické reprezentace vět k hodnocení kvality strojového překladu. Ukážeme, že i když tato metrika dosahuje vysoké korelace s lidskými hodnoceními kvality překladu, není samostatně vhodná pro optimalizaci parametrů systémů strojové- ho překladu. Za druhé rozšíříme základní log-lineární model používaný ve statistickém strojovém překladu o kontextový model zdrojové věty, který pomáhá lépe rozlišovat mezi různými možnostmi překladu dané fráze a pomáhá vybrat nejvhodnější překlad pro daný kontext v aktuální větě.
|
|
|
Rich Features in Phrase-Based Machine Translation
Kos, Kamil ; Bojar, Ondřej (vedoucí práce) ; Žabokrtský, Zdeněk (oponent)
V této práci zkoumáme metody, jak zlepšit kvalitu statistického strojového překladu použitím bohaté lingvistické informace. Nejdříve popíšeme SemPOS - metriku, která využívá mělké sémantické reprezentace vět k hodnocení kvality strojového překladu. Ukážeme, že i když tato metrika dosahuje vysoké korelace s lidskými hodnoceními kvality překladu, není samostatně vhodná pro optimalizaci parametrů systémů strojového překladu. Za druhé rozšíříme základní log-lineární model používaný ve statistickém strojovém překladu o kontextový model zdrojové věty, který pomáhá lépe rozlišovat mezi různými možnostmi překladu dané fráze a pomáhá vybrat nejvhodnější překlad pro daný kontext v aktuální větě.
|
|
|
Konstrukce sufixových polí a jejich využití v bioinformatice
Hlávka, Ondřej ; Čermák, Martin (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Práce pojednává o perspektivní datové struktuře, která se nazývá sufixové pole. Tato datová struktura je zde podrobněji popsána a v práci je dále uvedeno rozdělení algoritmů pro konstrukci tohoto pole. Je zde popsáno několik konstrukčních algoritmů a nejpodrobněji se práce zaobírá algoritmem nazývaným qsufsort. Nakonec si ukážeme využití sufixového pole pro vyhledávání přesných (pomocí binárního vyhledávání) a přibližných (metoda QUASAR) vzorů v sekvencích DNA.
|
host ::
RSS.